系統發生樹（圖片來源：Liang L et al，採用 CC BY 3.0 授權） 生物的系統發生樹（phylogenetic tree），又稱演化樹，是一種用來描述生物演化關係的圖形模型。它通過分支結構展示特定物種從共同祖先演化而來的過程。每個分支點代表一次演化分歧的發生，系統發生樹的根部代表的是所有該群物種的共同祖先，而越接近樹冠的分支則代表越後期的物種。過往的系統發生樹以生物物種間的形態、樣貌差異多寡作為參考基準，但隨著分子生物技術的發展，現代生物往往利用基因的DNA序列作為演化親緣關係的主要參考資料。由於古生物保留至今的線索多以化石形式呈現，因此古生物的系統發生樹則依舊以生物形態、樣貌來建立，並利用最大簡約法（maximum parsimony）找到最可能的系統發生樹。 DNA序列要如何建立系統發生樹？ 要建立一群物種的演化關係，代表這群物種之間一定有某些共同的特點，而且這個特點在不同物種間都存在些微差異，就是藉由這個差異的多寡來認定牠們的親緣關係。 以一個假想基因A為例，不同物種間的基因A的DNA序列差異如下: 物種1: CAGTCGA